בנוסף לכוחות חיל האוויר גם המוסד הישראלי כך על פי דיווחים שונים היה מעורב במבצע באיראן הלילה (ו'). חיים תומר, לשעבר בכיר במוסד, התייחס למבצע 'עם כלביא' ועל מה שעתיד לקרות.
"עושה רושם שהגיעו למטרות משמעותיות ברמת הפיקוד הצבאי הבכיר האיראני", ציין תומר. "המודיעין הישראלי על זרועותיו השונות מצטיין מאוד במפעל מטרות. הוא פיתח יכולות מאוד משמעותיות בייצור מטרות. כל הזמן נפגעים אנשים שיודעים שמחפשים אותם", הסביר.
לדבריו, "אנחנו עוסקים בשאלות יותר אסטרטגיות, ואנחנו שואלים את עצמנו לאן ישראל הולכת במלחמה עם איראן שנפתחה הלילה. אני מקווה שההצהרות של הנשיא טראמפ יתבררו כרלוונטיות, כי צפויה מתקפה איראנית רחבת היקף כתגובה, ואנחנו זקוקים לשיתוף פעולה עם האמריקנים ועם בני ברית אחרים באזור".
הוא סבור כי "ישראל פעלה מתוך מודיעין איכותי", אך הסביר כי "מהלכים קרביים מתגלגלים בדינמיקה שאינה צפויה מראש. התסריט הוא שארה"ב וישראל יישרו קו בכל מערכי ההגנה, ושארה"ב תביא הסכם יותר טוב, זו השאיפה. מלחמה ארוכה עם איראן רעה מאוד לישראל, ולסיכוי ליציבות אזורית כלשהי, ואני מקווה שזה לא יקרה".
לאחרונה שמענו לא מעט על מרגלים ישראלים שפועלים מטעם איראן. תומר לא מתרגש מכך במיוחד: "אני מפקפק בזה. שב"כ ואחרים מאוד מפוקסים על המאמצים האיראנים לגייס סוכנים בישראל. ידוע שיש להם נכסים מודיעיניים בישראל, אבל זה לא מה שישנה את פני המערכה".
בכל מקרה, התסריט החמור ביותר בעיניו הוא "אם איראן והפרוקסיז החמושים שלה יצטרפו באופן מתוזמר לירי מנגד על ישראל שיאתגר את מערכות ההגנה האוויריות. זה התסריט הכי רע לישראל".